Akadémiu navonok zastupuje riaditeľ, ktorý je jej štatutárnym orgánom. Riaditeľa zastupuje v čase jeho neprítomnosti zástupca riaditeľa. Riaditeľ môže poveriť aj v iných prípadoch svojho zástupcu, aby ho zastupoval v rozsahu jeho práv a povinností.
Riaditeľa vymenúva na návrh rady minister na tri roky. Tá istá osoba môže vykonávať funkciu riaditeľa alebo funkciu zástupcu riaditeľa najviac dve po sebe nasledujúce funkčné obdobia. Rada na základe dosiahnutých výsledkov výberového konania určí poradie kandidátov a prvých piatich kandidátov navrhne ministrovi na funkciu riaditeľa. Minister vymenuje do funkcie riaditeľa toho kandidáta, ktorý sa umiestnil podľa rozhodnutia výberovej komisie ako prvý v poradí.
Zástupcu riaditeľa vymenúva riaditeľ na návrh rady tak, aby v prípade, ak je riaditeľom sudca, bol zástupcom riaditeľa prokurátor a naopak. Rada navrhne riaditeľovi kandidáta na funkciu zástupcu riaditeľa na základe výsledkov výberového konania. Zástupcu riaditeľa vymenúva riaditeľ na tri roky.
Pôsobnosť riaditeľa určuje zákon Justičnej akadémie a Štatút.
Riaditeľ najmä:
a) zastupuje akadémiu navonok,
b) predkladá rade návrh ročného rozpočtu, ročného akademického plánu a výročnú správu o činnosti akadémie,
c) predkladá ministrovi návrh rozpočtu, ktorý schválila rada,
d) zodpovedá rade za riadne plnenie ročných akademických plánov a ministerstvu za účelné hospodárenie s rozpočtovými prostriedkami akadémie,
e) upozorňuje ministra na neplnenie úloh člena rady a upozorňuje vedúceho úseku na porušenie jeho povinností.
Riaditeľ má právo zúčastniť sa na zasadnutiach rady. Má právo vyjadrovať sa k prerokúvanej veci; nemá právo hlasovať.