Zástupca riaditeľa Justičnej akadémie Slovenskej republiky zastupuje riaditeľa akadémie v čase jeho neprítomnosti. Riaditeľ môže poveriť aj v iných prípadoch svojho zástupcu, aby ho zastupoval v rozsahu jeho práv a povinností.
Zástupcu riaditeľa vymenúva riaditeľ na päť rokov na návrh Rady Justičnej akadémie tak, aby v prípade, ak je riaditeľom sudca, bol zástupcom riaditeľa prokurátor a naopak. Rada navrhne riaditeľovi kandidáta na funkciu zástupcu riaditeľa na základe výsledkov výberového konania.
Tá istá osoba môže vykonávať zástupcu riaditeľa aj opakovane.
Vo funkcii zástupcu riaditeľa Justičnej akadémie pôsobili:
JUDr. Viera Bolebruchová
JUDr. Ladislav Tichý