Združenie sudcov Slovenska (ZSS) od roku 1995 začalo presadzovať ideu založenia nezávislej sudcovskej vzdelávacej inštitúcie. Výkonný výbor ZSS sa snažil presadiť túto ideu na pôde Ministerstva spravodlivosti Slovenskej republiky opakovane v priebehu rokov 1996 až 2003, avšak prvým konkrétnym úspechom bol až prísľub ministra spravodlivosti na medzinárodnej konferencii, ktorá sa konala v júni 2001 v Dunajskej Strede, že podporí vznik nezávislej sudcovskej akadémie. Dovtedy sa myšlienka sudcovskej akadémie zo strany výkonnej moci odmietala alebo bola akceptovaná len pro forma. S podporou ZSS, sudcov samotných, ako aj viacerých medzinárodných inštitúcií (Rada Európy, Európska komisia, Medzinárodné združenie sudcov, Holandský helsinský výbor, ABA CEELI, British Know-How Fund) nakoniec došlo k tomu, že výkonný výbor ZSS v spolupráci s legislatívnym výborom ZSS pripravili návrh zákona o Justičnej akadémii Slovenskej republiky, ktorý bol predložený ministerstvu spravodlivosti.
Výsledkom dlhoročného snaženia bolo schválenie zákona o Justičnej akadémii Národnou radou Slovenskej republiky na jej zasadnutí dňa 4. decembra 2003, ktorý bol publikovaný v Zbierke zákonov pod č. 548/2003 Z. z. Podľa tohto zákona začala Justičná akadémia svoju činnosť od 1. septembra 2004.
Justičná akadémia je nezávislou vzdelávaciou inštitúciou s celoštátnou pôsobnosťou, ktorá zabezpečuje organizuje a vykonáva vzdelávanie sudcov, prokurátorov a súdnych úradníkov. Bola zriadená zákonom ako samostatná právnická osoba, ktorá je rozpočtovou organizáciou Ministerstva spravodlivosti Slovenskej republiky a hospodári s prostriedkami účelovo určenými v štátnom rozpočte na vzdelávanie sudcov, prokurátorov a súdnych úradníkov.
Orgánmi Justičnej akadémie sú rada a riaditeľ akadémie. Najvyšším orgánom je Rada Justičnej akadémie, ktorá riadi po odbornej stránke vzdelávaciu činnosť akadémie, schvaľuje návrh rozpočtu akadémie a navrhuje ministrovi spravodlivosti kandidáta na funkciu riaditeľa. Rada Justičnej akadémie má 10 členov.
Štatutárnym orgánom akadémie je riaditeľ, ktorého na návrh rady vymenúva a odvoláva minister spravodlivosti na funkčné obdobie 5 rokov. Riaditeľ vymenúva na návrh rady zástupcu riaditeľa taktiež na funkčné obdobie 5 rokov tak, aby v prípade, ak je riaditeľom sudca, bol zástupcom prokurátor a naopak.
Justičná akadémia zabezpečuje vzdelávacie podujatia prostredníctvom svojich zamestnancov a pedagogického zboru podľa schváleného ročného študijného plánu (akademický plán). Pedagogický zbor má vedúceho katedry a externých členov. V súčasnosti pôsobí v Justičnej akadémii 1 vedúci katedry.
Po organizačných zmenách sa z pôvodných 4 katedier práva vytvorila súčasná 1 katedra práva a to:
Externými členmi pedagogického zboru sú najmä sudcovia, prokurátori a odborníci z akademického prostredia, ktorí sú do pedagogického zboru prijímaní radou Justičnej akadémie na základe kritérií stanovených radou. V súčasnosti má Justičná akadémia 116 externých členov pedagogického zboru.
Administratívne sídlo Justičnej akadémie sa nachádza v Pezinku, kde sa vykonávajú aj niektoré vybrané vzdelávacie aktivity. Väčšina vzdelávacích podujatí akadémie sa uskutočňuje v moderne vybavenej budove detašovaného pracoviska Justičnej akadémie v Omšení pri Trenčianskych Tepliciach, ktorej prevádzka bola oficiálne spustená dňa 20. marca 2008. Okrem uvedených prevádzok Justičná akadémia realizuje vzdelávacie podujatia aj v regionálnych učebniach: Krajský súd v Košiciach, Úrad priemyselného vlastníctva v Banskej Bystrici.
Činnosť akadémie sa riadi okrem zákona aj štatútom a organizačným poriadkom Justičnej akadémie, ktorý upravuje postavenie, právomoci a úlohy jednotlivých organizačných zložiek zriadených v rámci Justičnej akadémie.
V súčasnosti pracuje v Justičnej akadémii 30 zamestnancov, ktorých status je upravený v zákone č. 552/2003 Z. z. o výkone práce vo verejnom záujme. Z tohto počtu pôsobí 14 zamestnancov v detašovanom pracovisku Justičnej akadémie v Omšení a 16 zamestnancov pôsobí v sídle akadémie v Pezinku.
Justičná akadémia okrem organizovania celoživotného vzdelávania sudcov a prokurátorov pripravuje a následne overuje vedomosti a odborné predpoklady čakateľov prokuratúry a vyšších súdnych úradníkov potrebné na výkon funkcie sudcu alebo prokurátora vykonaním odbornej justičnej skúšky. Akadémie ďalej v súlade s ust. § 3 odsek 4 zákona č. 548/2003 Z. z. o Justičnej akadémii vytvára, spravuje a chráni databázu súdnych spisov z oblasti trestného práva, správneho práva, pracovného práva, rodinného práva, obchodného práva a občianskeho práva, ktorá sa využíva jednak pri výberových konaniach na obsadenie voľného miesta sudcu podľa zásad pre výberové konania schválených Súdnou radou Slovenskej republiky, ako aj pri písomnej časti odbornej justičnej skúšky.
V rámci medzinárodných aktivít sa Justičná akadémia stala členom medzinárodných združení justičných škôl a to Lisabonskej siete v rámci Rady Európy a Európskej justičnej vzdelávacej siete (EJTN) pôsobiacej v rámci Európskej únie.
Justičná akadémia podpísala medzinárodné dohody o spolupráci s týmito zahraničnými partnermi:
Akadémia pre vzdelávanie sudcov a verejných prokurátorov Macedónskej republiky
Asociácia sudcov Pernambuca, Brazílska federatívna republika
Bavorské ministerstvo spravodlivosti a ochrany spotrebiteľa, Nemecká spolková republika
Justičné vzdelávacie centrum Čiernej Hory
Nemecká spolková akadémia, Nemecká spolková republika